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待注射樣品組分復雜且部分內含物未知，此時保護柱就非常有用。但注意，使用保護柱絕不意味著取消樣品的預處理和過濾！如果使用保護柱是為了給分析柱提供足夠的保護，那么為避免色譜性能下降就必須頻繁地更換保護柱。通過監測塔板數（N）、柱壓，和分離度（Rs），就可以判斷保護柱和分析柱性能的變化，并在恰當的時刻更換保護柱。
原則上，當滿足以下條件時，就需要即可更換保護柱：
塔板數降低幅度超過10%
柱壓降升高幅度超過10%
分離度變化幅度超過10%
進樣數超過150次
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